Apesar de todas as palestras, nomes conhecidos e muita tecnologia, a Campus Party também será lembrada pelos campuseiros devido aos problemas de segurança, limpeza e transporte que vem acontecendo durante o evento.
Os problemas vão desde Credenciais trocadas até falta de segurança: alguns campuseiros estavam saindo da Campus Party sem ter seus notebooks checados e, mesmo quando o detector de metais apitava, ninguém estava sendo vistoriado. A organização afirmou que os campuseiros são inteiramente responsáveis pela guarda, transporte e manutenção da totalidade dos equipamentos que levarem ao evento, independente do tipo.
Um dos principais motivos de reclamação foi a falta de transporte gratuito entre a estação Tietê do Metrô e o evento. Quando questionada, a organização do evento não esclareceu o motivo, mas afirmou que buscou parcerias e alternativas, mas não foi possível viabilizar o transporte.
A limpeza também tem sido colocada em questão, após um vídeo gravado por um campuseiro mostrar ratos próximo a uma das lanchonetes do evento. O vídeo gerou revolta e brincadeira em rede sociais como o Twitter, onde usuários debatiam o incidente. Em nota, a organização afirmou que toda a Arena passou por limpeza rígida durante o mês de janeiro e novos procedimentos foram realizados depois do incidente ter acontecido.
A quinta edição da Campus Party, que aconteceu em 2012 também foi marcada por incidentes: o primeiro dia teve falta de água e uma grande queda de luz aconteceu devido às fortes chuvas que caíram durante a realização do evento.
